A equipa Star Fox faz um regresso triunfante a uma das suas maiores missões com o remake de Star Fox 64 em 3D. Todo o universo Star Fox expande-se de forma realista até às profundezas do ecrã superior da Nintendo 3DS enquanto as imagens em 3D dão ao jogador uma noção mais clara de distância e posição. Isto torna o jogo mais acessível e intuitivo, o que permite aos jogadores concentrarem-se na ação.
Star Fox 64 3D também faz uso dos dois ecrãs da Nintendo 3DS, sendo que o ecrã superior apresenta a jogabilidade 3D e o Ecrã Tátil apresenta as várias personagens e o seu diálogo.