Mario, Luigi, Princesa Peach e Toad estão caminhando no Reino dos Cogumelos, quando veem um cano transparente, Mario e Luigi consertam-o, e dele saem vários objetos. No final, uma Anafada (uma criatura parecida com uma fada) sai do cano desesperada. Ela conta aos heróis que é a princesa de um dos 7 reinos do Reino das Anafadas, o mundo onde as Anafadas vivem. Ela também conta que Bowser invadiu o reino e capturou as outras seis princesas. Bowser então sai do cano e captura a Princesa Anafada, aprisionando-a num pote. Ele então entra no cano de novo e some. Peach vai dar uma olhada nele e acaba caindo no cano, sendo seguida por Mario, Luigi e Toad. Eles então vão parar no primeiro reino, onde a Princesa Anafada verde, com quem eles estavam falando, está presa. Então, a jornada começa.
Após resgatar as 6 primeiras Princesas Anafadas, os heróis percebem que há ainda uma faltando: a Princesa Anafada vermelha. Eles então adentram no World Castle, aparentemente derrotam Bowser e resgatam a sétima princesa. Bowser então reaparece e recaptura as sete Princesas de novo, e, usando o poder delas, cria o último mundo verdadeiro: o World Bowser, um grande parque de diversões com a temática de Bowser. Os heróis então chegam na última fase, onde é travada a luta final com Bowser, que usa o Superguizo para se transformar em Meowser, o real último chefe. Após chegar no metade da torre onde eles estão, Meowser é aparentemente derrotado após os heróis ativarem um Bloco POW que o nocauteia. Porém Meowser surge de novo, e, dessa vez, usa a Duplicereja para clonar-se. No topo da torre, os heróis ativam o grande Bloco POW, que nocauteia todos os clones e derrota Meowser, que estava em cima do mesmo. Meowser é explodido e lançado para muito longe, e as Princesas Anafadas são finamente libertadas. Nos créditos é possível ver que Bowser está trancado num pote, igual ao que ele tinha prendido as Anafadas. As mesmas, então, constroem um foguete para os heróis, que leva a quatro mundos extras no espaço.
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